ก่อนที่จะมีการก่อสร้างอาคารเรียนโรงเรียนเบ็ญจมะมหาราช(หลังเดิม) รากฐานการเรียนหนังสือไทยในจังหวัดอุบลราชธานี ในรูประบบโรงเรียนเริ่มเมื่อพระญาณรักขิต(พระอุบาลีคุณูปมาจารย์-จันทร์ ศิริจันโท) ได้มอบหมายให้พระมหาอ้วน ติสโส(สมเด้จพระมหาวีระวงศ์ วัดบรมนิวาส) นำเอาอุปกรณ์การศึกษาจากกรุงเทพฯ มาเปิดสอนที่วัดสุปัฏนารามวรวิหารใน พ.ศ.2440 โดยใช้ชื่อว่า โรงเรียนอุบลวิทยาคม รับนักเรียนทั้งบรรพชิตและคฤหัสถ์ชาย เปิดสอนวิชาภาษาบาลีและภาษาไทย ในการนี้พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้พระราชทานพระราชทรัพย์จำนวน 10 ชั่ง เพื่อเป็นทุนค่าใช้จ่ายในการดำเนินงานจัดการเรียนการสอน โดยพระบรมวงศ์เธกรมหลวงสรรพสิทธิประสงค์ข้าหลวงใหญ่ต่างพระองค์สำเร็จราชการมณฑลอีสาน เป็นผู้แทนพระองค์ทรงนำมามอบ โรงเรียนอุบลวิทยาคมมีนักเรียนเพิ่มมากขึ้น ทำให้สถานที่เดิมคับแคบ ทางราชการจึงดำริสร้างโรงเรียนขึ้นใหม่ที่มุมทุ่งศรีเมองด้านทิศตะวันออก (บริเวณโรงเรียนอนุบาลอุบลราชธานีในปัจจุบันนี้) และพระยาศรีธรรมศกราช (ปิ๋ว บุนนาค) ได้ทูลเชิญกรมหลวงพิษณุโลกประชานาถเสนาธิการทหารบกซึ่งมาตรวจราชการที่มณฑลอุบลราชธานี เป็นประธานประกอบพิธีเปิดและได้ประทานนามโรงเรียนนี้ว่า โรงเรียนตัวอย่างประจำมณฑลอุบลราชธานี เบ็ญจะมะมหาราช เพื่อให้เป็นอนุสรณ์ถวายแด่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 5 เมื่อ วันที่ 28 กันยายน 2458 โรงเรียนจึงถือเอา วันที่ 28 กันยายน ของทุกปี เป็นวันสถาปนาโรงเรียน กิจการของโรงเรียนได้พัฒนามาตรามยุคสมัย ในระหว่างปี พ.ศ.2462-2474 มีนักเรียนทั้งในจังหวัดอุบลราชธานีและจังหวัดใกล้เคียงมาศึกษาเลาเรียนมากขึ้น โรงรียนได้ขยายชั้นเรียนถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6พ.ศ.2478 โรงเรียนได้ย้ายมายังสถานที่แห่งใหม่ทางด้านทิศตะวันตกของทุ่งศรีเมอง (บริเวณหลังศาลากลางจังหวัดในปัจจุบัน) เป็นอาคารเรียนไม้สองชั้น 20 ห้องเรียน ทำพิธีเปิดเมื่อ วันที่ 7 เมษายน พ.ศ.2478เนื่องจากสถานที่เดิมคับแคบไม่สามารถรองรับการขยายตัวทั้งจำนวนนักเรียน จำนวนอาคารเรียน และอาคารประกอบต่างๆ ทางราชการจึงได้จัดหาพื้นที่ใหม่ในหมู่บ้านท่าวังหิน ห่างจากสถานที่เดิม 1.6 กิโลเมตร เพื่อก่อสร้างอาคารเรียน และอาคารประกอบอื่นๆ ในเนื้อที่ 150 ไร่ โดยย้ายมาทำการเรียนการสอน ณ ที่ปัจจุบันนี้ เมื่อต้นปีการศึกษา 2516

           ลักษณะทางสถาปัตยกรรม ศิลปกรรม มีห้องบางส่วนที่หน่วยงานราชการใช้เป็นที่ทำงานเป็นอาคารสร้างด้วยไม้ 2 ชั้น หลังคาทรงจั่วเดิมมุงด้วยกระเบื้องว่าว ปัจจุบันมุงด้วยกระเบื้องลอน (บดก ตราช้าง) ตัวอาคารตั้งหันหน้าไปทางทิศตะวันออก มีผังเป็นรูปคล้ายตัวไอ (I) คือตรงกลางเป็นแท่งมีห้องมุขยื่นทางทิศตะวันออก ส่วนหัวท้ายทำเป็นห้องสกัดที่ปีกซ้าย (ทิศเหนือ) และขวา (ทิศใต้) ยื่นยาวออกไป พื้นห้องทั้งหมดทำด้วยไม้

           บันไดขึ้นลงชั้นล่างเป็นบันไดปูนมี 8 จุด อยู่ทางด้านตะวันออกและตะวันตกด้านละ 4 จุด ส่วนบันไดขึ้นลงชั้นบนเป็นบันไดไม้ อยู่ตรงกลางของห้องปีกซ้าย - ขวา ที่ละ1 จุด

           ชั้นล่างทำเป็นห้องทั้งหมด 12 ห้อง ชั้นบน 10 ห้อง ปัจจุบัน ห้องทางทิศเหนือใช้เป็นที่ทำการของสัสดีจังหวัดอุบลราชธานี ส่วนห้องอื่น ๆ ใช้เป็นที่เก็บพัสดุครุภัณฑ์ของหน่วยงานราชการต่าง ๆ